病気によって、くすりが効果的であったりまったく効果が無いばあいがあります。たとえば、扁桃腺が赤くはれた場合、「扁桃腺炎ですね」と診断されたとします。この場合、扁桃腺炎を起こす病原体がその予後を決定します。たとえば、ばい菌（細菌）による扁桃腺であれば、抗生物質が効果的であり、抗生物質をのめば大体２日以内に熱は下がるでしょう。しかし、ウイルスによる扁桃腺炎であれば、抗生物質の効果はなく、熱は４－７日ほど続く場合（もちろん２－３日で熱が下がるばあいもあります）もあり、抗生物質には関係なく、ウイルスの寿命により熱が下がる期間が決定されます。

ようするに、病気の原因がウイルスか、細菌かによってくすりが効果的であるか否か決まってくるのです。
扁桃腺に限らず、気管支炎や肺炎、胃腸炎（嘔吐下痢）なども、原因がウイルスと細菌などがあり、抗生物質が必ず効くとは限りません。

ウイルスによるものか細菌によるものかは診ただけですぐ分かるものもありますが、どちらか悩むことが多くあります。経験をつんでも、おそらく、ウイルスだろう、細菌だろうとまでしかいえないことがあります。
ですから、抗生物質を飲んでいてもなかなか熱が下がらない場合は、ウイルスによる可能性もあります。そんな時、私は、血液検査をすすめています。白血球の数や炎症反応（CRP)などを調べるとある程度、ウイルスか細菌かの判断ができます。
もしウイルスであれば、１に安静、２に栄養、３にお薬となります。この場合、抗生物質が効かないので、くすりは対症療法になります。熱が高ければ解熱剤、咳が出ていれば痰が切れるような薬、鼻水がつまれば鼻水を出しやすくする薬、下痢をしていれば整腸剤といった、症状を軽減するくすりをだして、ウイルスの勢いが自然に去ってゆくのを待つことになります。

最近、インフルエンザやみずぼうそう、ヘルペスなどのウイルスに効く、抗ウイルス剤が出ており、これらは、かなり効果的です。まだまだ、ウイルスに対するくすりは少なく、有名なウイルスによる流行性疾患である、はしか、おたふくかぜ、みずぼうそう、風疹、日本脳炎、インフルエンザなどには予防接種が開発されています。

とにかく、感染する病気にはウイルスと細菌による病気があり、抗生剤は細菌には効果がありますが、ウイルスに対しては効果がなく、対症療法で症状を軽減させ、病気が治るのを待つケースが大半になります。